Existe uma remota possibilidade da área alvo do Projeto Corredor Ecológico da Região do Jalapão vir a ser cortada no futuro por uma ferrovia, denominada Ferrovia da Integração Leste-Oeste (FIOL), integrante da já implantada Ferrovia Norte-Sul. Porém no EIA - Rima deste empreendimento a alternativa principal e preferível pelos empreendedores para o traçado da FIOL se localiza a mais de 250 km do traçado da FIOL na área alvo, passando ao longo do vale do rio Mosquito, a altura dos nos municípios de São Desidério na Bahia e Paranã, Arraias e Lavandeira no Tocantins.
De um modo geral, a mineração apenas circunda a área alvo, não manifestando interesse imediato para suas áreas nucleares, salvo indicações esparsas de disponibilidade de minério de ouro em Novo Acordo, de autorização de pesquisa também de minério de ouro em áreas de Lagoa do Tocantins e Ponte Alta do Tocantins e requerimentos de pesquisa de fosfato, minério de ferro e ouro em Lizarda, São Félix do Tocantins e Mateiros.
Há vários fatores tipificados como ameaças ao Cerrado, e especificamente para a região de estudo, e dentre outros, os mais graves inclui-se a elevada frequência do fogo de causa antrópica, desmatamentos para diversos objetivos, expansão da fronteira agrícola sem ordenamento ecológico-econômico, erosão, exploração predatória de espécies da fauna e flora e visitação desordenada, e com menor ênfase, mas com grande potencial de modificação dos parâmetros ambientais regionais, a implantação de grandes obras de infraestrutura, como rodovias e ferrovias.
