Na região estudada o desmatamento se faz também presente, embora de modo menos evidente do que no seu entorno imediato. O desmatamento na área alvo esta na ordem de 974.185,86 km², 11,95% da Área Alvo. O padrão de desmatamento na região é o de ser pulverizado em quase toda a área, com forte correspondência visual ao padrão de desmatamento de pequenas manchas urbanas ou de localidades e de atividades da agricultura familiar. Este padrão espacial se modifica na área de platô localizado no município de Formosa do Rio Preto, na Bahia, que apresenta um desmatamento contínuo e linear, típico do agronegócio. Este padrão se repete na porção sul do polígono, em áreas do município de Alto Parnaíba, no Piauí.
Internamente à área alvo, a gestão das unidades de conservação têm se mostrado positiva na proteção da cobertura vegetal, mesmo nas Áreas de Proteção Ambiental, uma vez que o desmatamento está espacialmente estancado justamente na limitação das áreas protegidas. Em relação às Ucs, há que se ficar atento às questões de vazamento do desmatamento para outras área não protegidas. Não há meios de se saber sobre a dinâmica temporal do desmatamento, uma vez que o inventário do desmatamento para o bioma Cerrado somente está consolidado para o ano de 2008, marco zero do monitoramento do desmatamento do Cerrado.
