O município foi criado em 5 de outubro de 1989 e instalado em 1º de janeiro de 1993. Foi elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Lagoa da Tocantins, pela lei estadual nº 251 de 1991, alterado em seus limites pela lei estadual nº 498 de 1992, desmembrado do município de Santa Teresa do Tocantins. A área oficial do município de Lagoa do Tocantins atualmente é de 912km² e no recenseamento de 2010, consta com 3.525 habitantes, com um crescimento populacional na ordem de 7,50% em relação ao censo do ano de 2000.
