O bioma Cerrado possui uma elevada diversidade de paisagens constituídas por diferentes fisionomias de vegetação que a colocam entre as savanas de maior riqueza florística do mundo (MENDONÇA et al., 1998). Essa heterogeneidade de habitats favorece a diversidade da fauna. Por essas e outras razões o Cerrado é considerado um dos biomas mais importantes do mundo, contendo 5% da biodiversidade do planeta, aproximadamente 7.000 espécies de plantas, 1.200 de peixes, 150 de anfíbios, 180 de répteis, 837 de aves e 199 de mamíferos, dos quais, 44% das plantas vasculares, 28% dos anfíbios, 17% dos répteis, 3,4% das aves e 9,5% dos mamíferos são endêmicos ao bioma (KLINK & MACHADO, 2005). Além disso, o Cerrado possui uma fauna de vertebrados terrestres distinta dos outros biomas (COLLI, 2002; RODRIGUES, 2005). Do ponto de vista biogeográfico, a fauna do Cerrado possui vários grupos restritos a ambientes específicos que no geral, compartilha elementos dos biomas adjacentes, atribuindo-lhe um caráter mais generalista.
O bioma Cerrado é o terceiro em diversidade de aves, totalizando 837 espécies (SILVA, 1995). Estudos recentes ampliaram este valor para 856 espécies (SILVA & SANTOS, 2005) e, mais recentemente, PINHEIRO & DORNAS (2009) acrescentam oito espécies, totalizando 864 espécies de aves para o Cerrado. 90,7% reproduzem-se no bioma; destas, 51,8% são dependentes de ambiente de floresta; 27,4% dependentes de áreas abertas e 20,8% vivem tanto em áreas florestais como em áreas abertas; do restante, 3,1% são visitantes da América do Norte e 12,5% visitantes do sul da América do Sul. Apesar da reduzida taxa de endemismo, apenas 3,4%, são mencionadas para o Cerrado como espécies endêmicas (MARINI & GARCIA, 2005).
Algumas localidades onde distintos grupos de espécies endêmicas teriam ocorrência restrita ao longo do bioma, foram reconhecidos como centros de endemismo: a planície do rio Araguaia, o vale do rio Paranã e a Cadeia da Serra do Espinhaço (SILVA, 1997; SILVA & BATES, 2002).
O Cerrado possui elevada riqueza de espécies de anfíbios e de répteis, sendo comparável à herpetofauna da Amazônia quando expressa de maneira proporcional ao tamanho de cada bioma (COLLI & BASTOS, 2002). No entanto, a sua herpetofauna é a menos conhecida dentre todos os biomas brasileiros (COSTA et al., 2007). Apesar dessas lacunas de conhecimento, foram registradas para o Cerrado 10 espécies de quelônios, 5 de jacarés, 15 de anfisbenas, 47 de lagartos, 103 de serpentes e 113 de anfíbios. Um estudo realizado em área de Cerrado do sul do Maranhão mostrou haver uma maior similaridade de espécies com áreas geograficamente mais próximas e condições edáficas e climáticas semelhantes (BARRETO et al., 2007).
Com respeito à fauna de lagartos, estudo relativamente recente (NOGUEIRA, 2006) elevou para 73 o número de espécies de lagarto no bioma. O endemismo da herpetofauna do Cerrado é considerável: 53% das anfisbenas são endêmicas (Amphisbaena anaemariae, A. miringoera, A. neglecta, A. sanctaeritae, A. silvestrii, A. talisiae, Bronia kraoh, Cercolophia sp. nov I e Cercolophia sp. nov II) , 26% dos lagartos (Haplocercus spinosus, Anolis meridionalis, Tropidurus itambere, T. montanus, Coleodactylus brachystoma, Kentropyx paulensis, K. vanzoi, Bachia bresslaui, B. scolecoides, Bachia sp. nov. e Micrablepharus atticolus), e 28% dos anfíbios (Bufo ocellatus, Colostethus goianus, Epipedobates braccatus, Hyla alvarengai, H. anataliasiasi, H. biobeba, H. cipoensis, H. nanuzae, H. pseudopseudis, H. rubicundula, H. saxicola, H. sazimae, H. tritaeniata, Phasmahyla jandaia, Phyllomedusa centralis, Scinax canastrensis, S. centralis, S. machadoi, S. maracaya, Barycholos savagei, Leptodactylus camaquara, L. cunicularis, L. jolyi, L. tapiti, Odontophrynus moratoi, O. salvatori, Physalaemus deimaticus, P. evangelistai, Proceratophrys cururu, P. goyana, Pseudopaludicola mineira, Chiasmocleis centralis) são também endêmicos (COLLI, 2007).
Cada uma das bacias hidrográficas do Cerrado tem sua fauna ictiológica própria. Os padrões de distribuição da ictiofauna estão relacionados a fatores físicos e bióticos, que atuam em diferentes níveis de escala, segmentos de rios e habitats dentro de cada bacia hidrográfica. No entanto, o conhecimento sobre a ictiofauna das bacias hidrográficas do Cerrado é bastante discrepante, sendo a da bacia do Rio Parnaíba a menos conhecida. Ainda que a calha principal dos rios de cada uma dessas bacias e seus afluentes maiores tenha sido relativamente bem inventariada, os pequenos rios e os afluentes menores ainda são escassamente conhecidos.
A bacia Tocantins-Araguaia é a que apresenta maior riqueza de espécies, enquanto a do Rio São Francisco apresentam riqueza media e a do Parnaíba é relativamente pobre, considerando o estado atual de conhecimento. A riqueza de espécies em cada bacia hidrográfica do Cerrado varia de 350 espécies na bacia Tocantins-Araguaia, 153 no Rio São Francisco e 95 na do Rio Parnaíba. Em ordem de importância destacam-se os Characiformes (bagres), presentes em todas as bacias hidrográficas da área alvo. A presença de endemismos dentro de cada bacia hidrográfica envolve a presença de barreiras geográficas, como as grandes cachoeiras que separam trechos de rios ou posicionamento da fauna no corpo hídrico, se nascente ou foz. Além dessas condicionantes, existem ainda endemismos relacionados aos peixes que vivem em poças temporárias, muito vulneráveis às alterações do meio (RIBEIRO, 2007).
A mastofauna do Cerrado é a terceira mais rica do país, com 194 espécies de mamíferos terrestres, 30 famílias e nove ordens. Os quirópteros são o grupo mais diverso, com 81 espécies. Estima-se que 41% das espécies do Cerrado pertençam à ordem Chiroptera (AGUIAR et al., 2004), seguido pelos roedores, com 51 espécies. Um total de 45 espécies podem ser consideradas de médio ou grande porte (peso superior a 1 Kg).
No bioma Cerrado são encontradas 19 espécies de mamíferos endêmicos, valor relativamente baixo quando comparado a outros grupos. O reduzido número de endemismos deve-se ao fato de que o Cerrado partilha a maioria de suas espécies com os biomas adjacentes (MARINHO-FILHO, 2007). Neste contexto, as matas de galeria exercem um papel muito importante, permitindo a movimentação da mastofauna dentro e entre os biomas adjacentes. Em uma perspectiva biogeográfica, CARMIGNOTTO (2004) sugeriu um padrão de distribuição de pequenos mamíferos em cinco regiões faunísticas. Outra peculiaridade da mastofauna está relacionada à distribuição de sua riqueza, sendo maior em áreas abertas do Cerrado (MACHADO et al., 2008).
