A área alvo do Projeto Corredor Ecológico na Região do Jalapão se localiza na delimitação de três importantes sistemas de drenagem no âmbito regional e nacional: Rio São Francisco, Rio Parnaíba e Rio Tocantins-Araguaia. A bacia hidrográfica, na verdade são regiões hidrográficas de nível 1 (ANA, 2011), de maior participação territorial na área estudada é a do Tocantins-Araguaia, com 47,48% da área total, seguida pela região do Rio Parnaíba, com 32,25%, sendo o restante da área localizado na região do Rio São Francisco, com 20,17%.
A área da região hidrográfica do Rio Tocantins-Araguaia assistida no Projeto se localiza na sua porção central-leste, envolvendo as regiões hidrográficas de nível 3 do Rio do Sono e Rio Manuel Alves em algumas de suas nascentes. A região hidrográfica do Rio Parnaíba compreende a sua porção sudoeste, na região de cabeceiras do Rio Parnaíba, com presença das sub-bacias de nível 3 do Rio Balsas, Rio Uruçuí-Preto e Rio Gurguéia. Na fração da bacia do Rio São Francisco se verifica as regiões denominadas "Médio/Baixo Grande" e fração ínfima da região "Alto Grande", ambas pertencentes à sub-bacia do Rio Grande, tributário do Rio São Francisco. Segundo ANA (2011), as principais características destas 3 regiões hidrográficas são:
• Tocantins-Araguaia: possui uma área de 967.059km² (11% do território nacional) e abrange os estados de Goiás (26,8%), Tocantins (34,2%), Pará (20,8%), Maranhão (3,8%), Mato Grosso (14,3%) e o Distrito Federal (0,1%). Grande parte situa-se na Região Centro-Oeste, desde as nascentes dos rios Araguaia e Tocantins até a sua confluência, e daí, para jusante, adentra na Região Norte até a sua foz. Cerca de 7,9 milhões de pessoas vivem na região hidrográfica (4,7% da população nacional), sendo 72% em áreas urbanas. A densidade demográfica é de 8,1 hab./km², menos da metade da densidade nacional, de 19,8 hab./km². Na Região Hidrográfica do Tocantins-Araguaia estão presentes os biomas Amazônia, na parte norte e noroeste, e Cerrado nas demais áreas;
• Rio Parnaíba: depois da bacia do rio São Francisco, a Região Hidrográfica do Parnaíba é hidrologicamente a segunda mais importante da Região Nordeste. Abrange o Estado do Piauí e parte dos Estados do Maranhão e do Ceará. A região ocupa uma área de 344.112km², o equivalente a 3,9% do território nacional, e drena a quase totalidade do estado do Piauí (99%) e parte do Maranhão (19%) e Ceará (10%). O Rio Parnaíba possui cerca de 1.400 km de extensão e a maioria dos seus afluentes estão localizados à jusante de Teresina são perenes e supridos por águas pluviais e subterrâneas. Os principais afluentes do Parnaíba são os rios Poti, Portinho, Canindé, Piauí, Longa, Balsas, Uruçui-Preto e Gurguéia. Os 3 últimos rios citados estão inseridos na área do Projeto;
• Rio São Francisco: fundamental pelo volume de água transportada para o Semiárido, a Região Hidrográfica do São Francisco abrange 521 municípios em seis estados: Bahia, Minas Gerais, Pernambuco, Alagoas, Sergipe e Goiás; além do Distrito Federal. Com 2.700km, o Rio São Francisco nasce na Serra da Canastra, em Minas Gerais, e escoa no sentido Sul-Norte pela Bahia e Pernambuco, quando altera seu curso para o Sudeste, chegando ao Oceano Atlântico na divisa entre Alagoas e Sergipe. A área de drenagem ocupa 8% do território nacional e sua cobertura vegetal contempla fragmentos de Cerrado nas áreas de nascentes, Caatinga na porção central e de Mata Atlântica na região de sua foz. Dos 25.795mw de potencial hidrelétrico inventariado, 10.395mw são efetivos por meio das usinas de Três Marias, Queimado, Sobradinho, Itaparica, Complexo Paulo Afonso e Xingó. Os principais afluentes do São Francisco são os Rios Paraopeba, Abaeté, Rio das Velhas, Jequitaí, Paracatu, Urucuia, Verde Grande, Carinhanha, Corrente e Rio Grande, sendo este último o tributário inserido na região estudada.
